有机农场应有丰富的有机质回归土壤中，供为土壤生物及有益微生物的粮食。用以丰富土壤微生物，繁殖微生物族群，增进微生物活性。这些活跃的微生物分泌的胶结物质和菌丝，有助于形成土壤团粒构造。微生物对有机质的矿质化，也有重要的功能。所以充分供应土壤有机质，是有机农场土壤肥培管理的基础。在施用有机肥时，应防止重金属及其它污染物质的累积，且应维持适当的土壤ph值。 

    补充土壤中营养元素的好材料，当然是腐熟的有机肥。有机肥中除含有机碳源，可以供应土壤微生物充足的食粮外。这些有机质肥料并含有丰富而均衡的氮、磷、钾以及微量元素，对作物根系的发展以及植株的生育，有重要的功能。

    有人不明了化学肥料为什么不能用在有机栽培上，这牵涉到化学肥料的制造过程。我们都知道化学肥料制造过程中，耗费了大量的能源，这与有机农法低投入的哲学，是互相抵触的。但主要的原因还不在这里，我们用得比较多的肥料，包括硫酸铵、过磷酸钙和硫酸钾，在制造的过程都添加了硫酸。这些化学肥料施用到土壤，等到铵、钾离子及磷酸根被植物吸收之后，剩下硫酸根残留在土壤中，结果使得土壤急速的酸化。土壤急速酸化的结果，造成土壤中许多营养元素有效性降低，微生物活性降低，重金属溶解度增加。此外，过剩的硝酸盐淋洗进入地下水，污染水资源。磷酸盐被冲刷流入水库或湖泊，造成水库湖泊的优养化，对生态有不利的影响。蔬菜吸收太多的氮素，形成硝酸盐含量过高，对人体健康也有不良影响。有机肥以缓效性分解释放，均衡养分，不致造成某些元素过量吸收之问题。 

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