1、引起烧根烧苗。不发酵的畜禽粪便施到农田，因为发酵不彻底，会发生“二次发酵”的现象，当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”，严重时会导致植株死亡；从养殖场购买的粪便含有大量火碱(养殖场用火碱消毒)，即便发酵也消除不了，火碱造成烧根。

2、病虫害的威胁。粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人的身体健康也会产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的发生。

3、产生毒气危害。未腐熟的粪便在分解的过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。

4、导致土壤缺氧。未腐熟的粪便在分解的过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受抑制。

5、大量养分流失。在传统堆沤粪便的过程中，由于自然分解、风吹雨淋等原因，氮磷钾等养分浪费流失十分严重，一般利用率只有50%。

6、营养释放与树体需肥不同步。秋季施入未经腐熟的有机肥，由于土壤温度低，在地下腐熟需要较长时间。第二年春季，树体需要大量的营养物质，而缓慢腐熟的有机肥释放出的有限的有机营养根本无法满足树体的需要。同时，在腐熟过程中微生物还会消耗一部分果树根系营养中原有的营养元素（如氮肥），树体往往出现营养不良。进入夏秋季后，雨量增加，地温快速上升，腐熟速度明显加快，释放出更多的可被树体吸收的有机营养物质，导致树体生长加快，大量冒条，果实着色不良，营养生　长过剩，花芽分化能力差，使树体营养供给失调。有人曾经对施入生粪的果园掘土调查，发现3年后仍有部分生粪还是原来状态。
    由此可见，生粪或是未腐熟的动物粪便不能直接施入农田，否则会给农作物带来危害，而长期使用未发酵的粪便直接还田，后果会更为严重，会加重作物发病率。同时，还会致使土壤中的蚯蚓以及各种有益微生物种类和数目锐减，从而导致肥力流失，加重土壤板结。

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